Son retour en Écosse en 1701 illustre bien le comportement de Selkirk, qui peut devenir violent à certaines occasions. En effet, il va menacer un de ses frères, en provoquer un autre et se battre avec son père. Suite à ces péripéties, Alexandre Selkirk embarque en tant que pilote. à bord de l’expédition de Dampier. Direction : l’Amérique du Sud où son navire arraisonne un galion appelé Manille. Mais il s’avèrera que Dampier n’est pas un bon navigateur et, de surcroît, il est lâche, violent et tyrannique.
En 1703, la situation se dégrade vraiment pour Alexandre Selkirk. En effet, le bateau est en très mauvais état par manque d’entretien et Selkirk essaie de faire rallier le navire au port le plus proche pour le mettre en cale sèche. Pour ce faire, il essaie de rallier l’équipage à sa cause, mais il échoue. Il menace dès lors de quitter le navire et malheureusement pour lui, il s’exécute. C’est le début d’une épopée qui va inspirer Robinson Crusoé.
Grâce au journal du Wood Roger, le navire qui l’a recueilli en 1709 (5 ans après), on découvre la vie de Selkirk sur l’île. Il connaît d’abord un moment d’abattement durant lequel il espère qu’un navire, anglais de préférence, fasse relâche pour être rapatrié. Suite à une attente interminable, il s’active et se met à fabriquer diverses choses pour améliorer son quotidien : une hutte, des outils, des ustensiles. L’île abrite des chèvres sauvages qu’il chasse pour les utiliser de diverses façons. Il échappe aux Espagnols qui ont débarqué en se cachant dans les arbres. Lorsque l’équipage du Wood Rogers aborde l’île, il découvre un personnage suspect, hirsute, sauvage et qui a perdu l’usage de la parole.
En octobre 1711, Selkirk revient enfin en Angleterre après dix ans d’absence. Wood Rogers, en faillite à ce moment-là, profite de l’aventure de Selkirk pour rebondir en publiant son journal de bord avec l’aide d‘Edward Cooke. Le journaliste sortira également une copie dans The Englishman où il décrit Alexandre Selkirk comme un modèle à tous points de vue.